Ce qui frappe d’abord dans les écrits johanniques, c’est la place que Jean accorde à la contemplation du mystère divin. Le Prologue du quatrième évangile est à cet égard emblématique. Dans sa concision, il constitue un résumé complet de la théologie de l’auteur. Contrairement aux évangiles synoptiques, son point de départ n’est pas la naissance de Dieu dans notre monde ; c’est l’éternité du Verbe de Dieu : « Au commencement était le Verbe, et le Verbe était auprès de Dieu, et le Verbe était Dieu » (Jn 1,1). Vient ensuite la mention de la création du monde (Jn 1,2), qui s’achève et se « totalise » dans le mystère de l’Incarnation du Verbe (Jn 1,11). Car le Christ permet aux croyants d’accéder à une connaissance nouvelle de Dieu : « Nul n'a jamais vu Dieu; le Fils unique, qui est tourné vers le sein du Père, lui, l'a fait connaître » (Jn 1,18).

Jésus n’est pas seulement un prophète ou un ami de Dieu, il est le Verbe incarné ; ce que Jean traduit en le désignant comme étant « la source de la vie ». Jésus est « la lumière du monde ». Cet attribut divin lui permet d’insister sur le thème du salut que Jésus vient apporter au monde.

Jean scrute avec une attention unique le mystère d’iniquité qui se déploie dans le monde en même temps que la venue du Sauveur : « Mais à tous ceux qui l'ont accueilli, il a donné pouvoir de devenir enfants de Dieu, à ceux qui croient en son nom » (Jn 1,12). Il veut ainsi faire comprendre la nature du salut sous un double aspect : l’amour de Dieu qui libère, et la puissance de refus des ténèbres, qui témoigne a contrario de la nécessité de ce salut divin. Dans ses épîtres, Jean donne un nom personnel à ces ténèbres : « l’Antichrist ». Il combattra ainsi sa vie durant les doctrines gnostique et docétiste (doctrine refusant que Jésus-Dieu ait pris un véritable corps), qui prétendent approfondir la connaissance de Dieu, mais qui en réalité la déforment et l’anéantissent. Pour Jean, la foi est un trésor qu’il faut défendre au prix de sa vie même, ce qu’il enseigne avec force aux 7 églises (Ap 1-3).

Les récits de la Passion contenus dans son évangile nous montrent les obstacles et les ruses concrètes qui risquent d’arrêter le croyant dans sa foi. Pilate le dit clairement à Jésus : « Qu’est-ce que la vérité ? » (Jn 18,38). Il ne s’agit pas là d’une question ; c’est une affirmation des ténèbres ! La réponse ne se découvre que par une contemplation de la lumière, celle de l’Agneau innocent, mis à mort sans motif sur la croix.

Jean développe aussi de manière nouvelle la relation entre Jésus et le Père, et celle avec l’Esprit-Saint. Il est indéniable que le dogme de la Trinité a trouvé dans la théologie johannique la source première de ses développements.

Si le thème de la « parousie » (le retour en gloire du Christ à la fin des temps) ne se trouve pas dans son évangile, Jean lui consacre un tel développement dans l’Apocalypse, qu'il en a fait la source majeure des travaux des théologiens au long des siècles.

Enfin, dans son ouvrage le P. Philippe Plet insiste sur une profondeur théologique inédite : grand contemplatif de l’œuvre de Dieu, Jean nous montre le déploiement du processus de la foi qui transforme l’âme humaine.